Blu e la sua anima gemella vivono insieme a Rio de Janeiro e hanno avuto 3 figli, quando pero' scoprono che nel cuore dell'Amazzonia e' stato avvistato un altro uccello della loro specie capiscono di non essere gli ultimi rimasti come credevano e decidono di partire in un viaggio di famiglia alla scoperta delle proprie origini. Non sara' facile adattarsi, specie per Blu, il piu' lontano dalle regole del mondo animale, e non aiutera' il fatto che Miguel, sopravvissuto miracolosamente al film precedente, li abbia avvistati e abbia deciso di partire alle loro calcagna con l'obiettivo di vendicarsi.