Dopo che un attentato terroristico ha distrutto il Cremlino, il governo degli Stati Uniti attiva il "Protocollo fantasma" e l'intera Impossibile Mission Force (IMF) viene accusata dell'attacco. Lasciato senza risorse e sostegno, Ethan Hunt e la sua squadra fuggono, per operare al di fuori della loro agenzia e riscattarla, ed allo stesso tempo sventare un altro attacco nucleare. A complicare ulteriormente la situazione, Ethan è costretto ad intraprendere questa missione col supporto di una squadra di fuggitivi della IMF dei quali non ne conosce le motivazioni personali.