L'armonia del Pianeta è minacciata dall'Alleanza dei Cattivi: Mr. S., Perfidia, Viperiana e Serpe hanno convinto il mondo intero che Sofì e Luì siano terribili criminali, mentre loro, i Cattivi, sono i veri eroi pronti a salvare l'umanità dalla malvagità dei Me Contro Te. Mr. S. ha persino creato una nuova creatura che unisce i poteri malvagi di Perfidia, Viperiana e Serpe: Perfidiana. Nonostante l'aiuto di Pongo, Chicco, Tara, Ajar e Ombra, Sofì e Luì non riescono a contrastare la forza distruttiva dei Cattivi. Ma non tutto è perduto: per Me Contro Te e i loro amici c'è una sola possibilità di riportare l'armonia nel mondo. Devono tornare indietro nel tempo e scoprire perché Mr. S. è diventato il villain che conoscono oggi.