Nel 2089 una coppia di archeologi, Elizabeth Shaw e Charlie Holloway, scoprono nell’Isola di Skye una mappa stellare che potrebbe spiegare le origini del genere umano. A bordo dell’astronave Prometheus, i ricercatori  viaggiano verso angoli remoti della galassia per scoprire se la mappa rinvenuta tra i manufatti di varie culture terresti conduce a un pianeta che potrebbe essere la chiave dell'origine della vita sulla Terra. Nella loro ricerca degli antichi Ingegneri  il gruppo s’imbatterà però in una minaccia che potrebbe causare l'estinzione della razza umana e l’androide David 8 comincia a perseguire, all'insaputa del resto dell'equipaggio, quelli che sono i veri obiettivi della missione.