L'acerrimo nemico delle tartarughe ninja, Shredder, morto. Leonardo stato mandato dal Sensei Splinter in America centrale per affinare le sue qualit di leader mentre Donatello, Michelangelo e Raffaello sono rimasti a New York. Senza il fratello maggiore si sentono perduti. Donnie ha aperto una societ di consulenza telefonica per chi ha problemi con il computer, Mickey nel settore dello "spettacolo", anima feste di compleanno per ragazzini indossando un costume da tartaruga, Rafi dorme tutto il giorno e di notte, all'insaputa dei fratelli, si tramuta nel temibile Guerriero della notte. Nel frattempo April e Casey hanno ottenuto un lavoro presso il signor Winters, un ricco magnate che colleziona oggetti antichi e che ha al suo servizio anche il Clan del piede. Presto a New York succederanno strane cose e le quattro tartarughe ninja dovranno intervenire per salvare la città.