La vita è felicemente pop sul fondo del mare, in quel di Bikini Bottom, dove Spongebob fa sfrigolare sulla piastra del capitalista Mr Krabs i più deliziosi Krabby Patty che siano mai stati fatti. Merito di una ricetta segreta, gelosamente conservata in cassaforte. Quando, però, la ricetta viene rubata, e il cibo miracoloso sottratto ai palati delle creature marine, la situazione sociale precipita, l'anarchia e l'aggressività prendono il sopravvento e persino i migliori amici di Spongebob gli voltano le spalle e gli giurano vendetta. Era il 2004 quando, nel primo film, la gialla spugna con i pantaloni quadrati partiva all'avventura per scagionare il suo crostaceo datore di lavoro dall'accusa di aver rubato la corona del re Nettuno. Qui, similmente, è con niente meno che il suo acerrimo nemico Plankton che Spongebob si allea, convinto della sua innocenza e deciso a tutto per riportare l'ottimismo in città.