A causa di un complotto, il Senato dei Romulani, astuti ed infidi nemici della Federazione dei Pianeti Uniti, viene sterminato da una nuova arma segreta. Ciò provoca un preoccupante spostamento dell'equilibrio dei poteri e il capitano della nave stellare Enterprise Jean-Luc Picard viene inviato ad investigare. Ciò che non può immaginare è che il capo della nuova fazione al potere sul pianeta Romulus, nonché nuovo pretore Shinzon, è un suo clone, il cui obiettivo è quello di usare la sua nuova, potentissima arma a base di radiazioni talaroniche, al fine di compiere uno sterminio di massa sulla Terra.